Nguyên nhân ban đầu khiến máy bay Nhật Bản bốc cháy dữ dội trên đường băng là do va chạm với một chiếc máy bay khác của lực lượng tuần duyên.
Chiều tối ngày 2/1, truyền thông Nhật Bản đưa tin về việc một chiếc máy bay của hãng hàng không Japan Airlines đã bốc cháy sau khi hạ cánh xuống sân bay Tokyo Haneda. Được biết, chiếc máy bay này sang số hiệu JAL516 và chở theo 379 hành khách (bao gồm phi hành đoàn) vào thời điểm xảy ra sự cố.
Sau khi nhận được tin báo, lực lượng cứu hỏa đã có mặt tại hiện trường để dập tắt đám cháy nhưng vô cùng khó khăn. May mắn toàn bộ hành khách trên máy bay đều đã được sơ tán an toàn bằng đường trượt khẩn cấp nên không gây thiệt hại lớn về người. Sau khi dập tắt đám cháy, chiếc máy bay của hãng hàng không Japan Airlines chỉ còn lại trơ khung, hoang tàn.
Theo điều tra ban đầu, nguyên nhân xảy ra vụ việc là do chiếc máy bay thương mại của Japan Airlines đã va chạm với một chiếc máy bay tuần duyên của Lực lượng Tuần duyên Nhật Bản. Chiếc máy bay tuần duyên này đang chuẩn bị làm nhiệm vụ mang đồ cứu trợ đến khu vực động đất ở bờ biển phía Tây Nhật Bản. Vụ tai nạn khiến 5 trong số 6 người trên máy bay tuần duyên thiệt mạng.
Trong thông cáo về vụ việc, hãng hàng không Japan Airlines công bố họ đã được cơ quan kiểm soát không lưu cho phép hạ cánh trước khi xảy ra vụ va chạm với máy bay của lực lượng tuần duyên tại sân bay Tokyo Haneda vào chiều ngày 2/1.
Bản ghi âm buồng lái mới đây cũng đã được công bố cho thấy phi hành đoàn của JAL516 đã được cho phép hạ cánh xuống đường băng số 34. Phi hành đoàn đã nhắc lại hiệu lệnh hạ cánh xuống đường băng số 34 trong đoạn ghi âm.
"Trong các cuộc phỏng vấn, phi hành đoàn đã xác nhận và nhắc lại cho phép hạ cánh từ kiểm soát không lưu, sau đó tiến hành các thủ tục tiếp cận và hạ cánh", Japan Airlines viết trong thông cáo.
Trong đoạn ghi âm từ tháp kiểm soát không lưu được cho là ghi lại vào thời điểm trước khi vụ va chạm kinh hoàng xảy ra được phát sẵn trên một trang web phát tín hiệu không lưu trực tiếp, người ta có thể nghe thấy một giọng nói chỉ dẫn máy bay của Japan Airlines tiếp tục tiếp đất.
Thời điểm sự cố xảy ra, trong buồng lái của máy bay Japan Airlines có 3 thành viên phi hành đoàn và có 9 thành viên phi hành đoàn khác làm việc trong khoang hành khách trên máy bay. Được biết, trên máy bay có tổng số 367 hành khách với 359 người lớn và 8 trẻ sơ sinh. Chỉ có một người bị bầm tím và 13 người khác "yêu cầu tư vấn y tế do cảm thấy khó chịu".
Ngày 3/1, đại diện của Cục Điều tra và Phân tích về An toàn Hàng không Dân dụng Pháp sẽ cử 4 điều tra viên đến sân bay Haneda để tham gia vào cuộc điều tra do ban An toàn Giao thông Nhật Bản tổ chức.